CentOSのデフォルトFTPサーバーvsftpdは、デフォルトではFTPクライアントから.htaccessなどの.(ドット)から始まるファイルは表示されないようです。
FTPクライアントから見えるようにするには以下の設定をします。
vsftpd設定ファイルのvsftpd.confに以下を追加
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force__dot_files=YES |
あとはvsftpdを再起動することで.(ドット)から始まるファイルが表示されるようになります。
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/etc/rc.d/init.d/vsftpd restart |